Kommunen varnar för att reformen riskerar att bli dyr, administrativt tung och svår att anpassa till lokala förhållanden. Enligt förslaget ska det operativa ansvaret för hamnskydd flyttas från hamninnehavare till Polismyndigheten, medan Transportstyrelsen tar över hamnskyddsutredningarna. Kommunen ser risker med att hamnverksamheterna inte ges reellt inflytande över skyddsplanerna och att standardiserade lösningar kan bli ineffektiva. Kommunen anser att hamnar skiljer sig kraftigt åt och skyddsåtgärder måste utformas efter lokala behov.
I Örnsköldsvik finns åtta hamnanläggningar med vitt skilda förutsättningar. Kommunen befarar att centralisering kan leda till åtgärder som är oproportionerliga mot hotbilden, särskilt för mindre hamnar och avsaknaden av en djupgående konsekvensanalys pekas ut som en allvarlig brist.
Kommunen varnar även för ökade kostnader. Avgifter som föreslås belasta Polismyndigheten kan i praktiken föras över till hamnarna, vilket kan drabba kommunalt ägda och mindre anläggningar hårt. Nya skyldigheter som informationslämning, planering och samordning riskerar dessutom
att öka arbetsbördan utan att stöd eller kompensation garanteras.
En annan kritik från Örnsköldsviks kommun till Transportstyrelsen gäller ansvarsfördelningen. Hamninnehavare kan fortfarande dömas till ansvar om en hamn saknar godkänd skyddsplan, även om Polismyndigheten är ansvarig för att ta fram den. Detta kan i värsta fall tvinga hamnar att stänga verksamheten tillfälligt.
Kommunen betonar också att hamnar är strategiska noder för Sveriges försörjningsberedskap och att skyddet måste bygga på lokalkännedom och praktisk erfarenhet.